Un cours, des outils, des limites explicites

Ce site est un support de cours de bioinformatique de niveau licence 3 / master 1. Il couvre 37 sections réparties en 8 modules, du cadre reproductible jusqu'à un projet intégré de transcriptomique et de génomique.

Principes pédagogiques

• Partir d'un enjeu biologique avant d'introduire le formalisme.
• Donner du code exécutable et des sorties vérifiées quand elles peuvent l'être.
• Distinguer systématiquement les résultats publics, les exemples synthétiques et les sorties illustratives.
• Signaler les versions d'outils et les corrections techniques imposées par l'évolution des logiciels.
• Refuser les références, DOI et accessions inventés.

Comment le contenu est vérifié

Les blocs Python des sections fondamentales sont exécutés dans un environnement contrôlé. Les tests pytest des exercices s'exécutent contre les corrigés. Les commandes shell et R des outils lourds sont vérifiées syntaxiquement ; lorsqu'une sortie n'a pas pu être produite localement, elle est étiquetée « illustrative ». Le script npm run content:validate contrôle le frontmatter, les liens internes, les composants et les corrections attendues.

Limites

• Les versions d'outils évoluent : vérifiez la documentation officielle avant un pipeline réel.
• Les notebooks nécessitant BWA, SAMtools ou DESeq2 ne sont pas exécutés dans le navigateur.
• L'assistant peut se tromper ; il cite les passages utilisés, mais ses réponses ne remplacent pas le cours.
• Le mode démonstration sans clé API produit des réponses simulées, pas des réponses d'un modèle réel.
• Les données publiques citées ne sont pas toutes redistribuées dans le dépôt ; suivez leurs licences.

Licences

Le contenu pédagogique est proposé sous licence Creative Commons BY-NC-SA 4.0, sauf mention contraire. Le code du site est proposé sous licence MIT. Les fichiers PDB téléchargés depuis RCSB PDB restent soumis aux conditions de leurs déposants ; ils sont utilisés ici à des fins pédagogiques.

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Utilisez le bouton « Signaler une erreur » de l'assistant ou la page Confidentialité pour les demandes relatives aux données. Les signalements sont examinés avant correction du contenu.