Licence 3 · Master 1 · 100 % francophone
Bioinformatique : comprendre les séquences, les structures et les systèmes
Un cours complet, du format FASTA aux pipelines RNA-Seq, avec des exercices Python testés, des études de cas et un assistant pédagogique fondé sur le contenu du cours.
- Modules
- 8
- Sections
- 37
- Heures
- ≈ 34 h
Des fondations solides
Du dogme central aux formats FASTA/FASTQ, avec du code Python exécutable et des exercices testés.
Des algorithmes expliqués
Programmation dynamique, BLAST, appel de variants, phylogénie : intuition, formalisme, complexité.
Un assistant qui cite
BioAssist recherche dans le cours et cite les sections utilisées. Il ne remplace pas votre travail.
Les modules
Huit modules progressifs, du cadre reproductible au projet intégré.
Module 0
Fondations et reproductibilité
Installer un environnement, organiser un projet, versionner le code et les données, et adopter les bonnes pratiques éthiques dès le premier script.
2 sections
Module 1
Fondations de l'analyse de séquences
Représenter, lire, manipuler et interroger des séquences biologiques avec Python et Biopython.
5 sections
Module 2
Algorithmes d'alignement
Comparer des séquences : matrices de points, programmation dynamique, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, matrices de substitution et BLAST.
6 sections
Module 3
Génomique et appel de variants
Du contrôle qualité des lectures NGS à l'appel de variants : FastQC, fastp, BWA-MEM, SAM/BAM, SAMtools et BCFtools.
5 sections
Module 4
Bioinformatique structurale
Lire le format PDB, parcourir la hiérarchie Bio.PDB, superposer des structures, visualiser avec PyMOL et interpréter les prédictions AlphaFold.
5 sections
Module 5
Phylogénie moléculaire
Alignements multiples, distances évolutives, Neighbor-Joining, maximum de vraisemblance et visualisation d'arbres.
5 sections
Module 6
Pipelines transcriptomiques
Préparer une librairie RNA-Seq, quantifier avec featureCounts, normaliser, tester avec DESeq2 et interpréter un enrichissement fonctionnel.
5 sections
Module 7
Projet intégré
Relier QC, mapping, variants et RNA-Seq dans un pipeline de bout en bout, avec rapport reproductible et évaluation critique.
4 sections
Comment travailler
- 1
Lire et manipuler
Chaque leçon part d'un enjeu biologique, introduit le formalisme, puis propose du code exécutable.
- 2
S'entraîner
Deux exercices par section, des tests pytest, un mini-projet et un quiz avec explications.
- 3
Demander de l'aide
L'assistant BioAssist répond à partir des passages du cours et cite ses sources. Il refuse de donner un corrigé non déverrouillé.
BioAssist, l'assistant du cours
Une question sur la programmation dynamique, un message d'erreur Biopython ou une formule de distance évolutive ? Ouvrez une leçon et cliquez sur « Assistant ».
Étudiant
Pourquoi la matrice BLOSUM62 est-elle plus adaptée que PAM250 ?
BioAssist
D'après le cours [2.5] : BLOSUM62 est construite à partir de blocs conservés de protéines proches à 62 % d'identité… [2.5]
Exemple illustratif de mise en forme ; la réponse réelle dépend des passages récupérés.
Honnêteté scientifique
Ce cours distingue les résultats réels de jeux publics, les exemples synthétiques et les sorties illustratives. Aucune référence, accession ou statistique n'est inventée. Les éléments à vérifier sont signalés dans le contenu et recensés dans le dépôt.