Module 5
Phylogénie moléculaire
Alignements multiples, distances évolutives, Neighbor-Joining, maximum de vraisemblance et visualisation d'arbres.
5 sections · environ 5 h de travail
Objectifs du module
- Choisir une stratégie d'alignement multiple et documenter le trimming
- Calculer et interpréter des distances évolutives corrigées
- Construire un arbre NJ et évaluer sa robustesse par bootstrap
- Comparer maximum de vraisemblance et modèles, puis annoter un arbre
- 5.1Alignement multiple60 min · intermediaire · alignement multiple, somme-de-paires, arbre guidePrérequis : 2.3
- 5.2Distances évolutives55 min · intermediaire · distance évolutive, p-distance, Jukes-CantorPrérequis : 5.1
- 5.3Neighbor-Joining et bootstrap60 min · intermediaire · Neighbor-Joining, matrice de distances, critère QPrérequis : 5.2
- 5.4Maximum de vraisemblance60 min · avance · maximum de vraisemblance, log-vraisemblance, ModelFinderPrérequis : 5.3
- 5.5Visualisation d'arbres50 min · debutant · Newick, enracinement, support bootstrapPrérequis : 5.3