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Parcours

Huit modules, une progression continue

Suivez les modules dans l'ordre pour construire les compétences, ou piochez les sections dont vous avez besoin. Chaque section indique ses prérequis et son niveau.

Votre progression

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Progression globale0 / 37

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Module 0

Fondations et reproductibilité

Installer un environnement, organiser un projet, versionner le code et les données, et adopter les bonnes pratiques éthiques dès le premier script.

Module 00 / 2
  1. Introduction et reproductibilité55 min · debutantNon commencée
  2. Éthique et bonnes pratiques des données50 min · debutantNon commencée

Module 1

Fondations de l'analyse de séquences

Représenter, lire, manipuler et interroger des séquences biologiques avec Python et Biopython.

Module 10 / 5
  1. Représentations computationnelles du dogme central55 min · debutantNon commencée
  2. Formats FASTA et FASTQ55 min · debutantNon commencée
  3. Parsing avec Biopython SeqIO55 min · debutantNon commencée
  4. Recherche de motifs par expressions régulières55 min · intermediaireNon commencée
  5. Contenu en GC et usage des codons55 min · intermediaireNon commencée

Module 2

Algorithmes d'alignement

Comparer des séquences : matrices de points, programmation dynamique, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, matrices de substitution et BLAST.

Module 20 / 6
  1. Matrice de points45 min · debutantNon commencée
  2. Programmation dynamique60 min · intermediaireNon commencée
  3. Needleman-Wunsch60 min · intermediaireNon commencée
  4. Smith-Waterman55 min · intermediaireNon commencée
  5. Matrices PAM et BLOSUM50 min · intermediaireNon commencée
  6. BLAST60 min · intermediaireNon commencée

Module 3

Génomique et appel de variants

Du contrôle qualité des lectures NGS à l'appel de variants : FastQC, fastp, BWA-MEM, SAM/BAM, SAMtools et BCFtools.

Module 30 / 5
  1. Contrôle qualité NGS55 min · intermediaireNon commencée
  2. Mapping avec BWA-MEM55 min · intermediaireNon commencée
  3. Formats SAM et BAM55 min · intermediaireNon commencée
  4. Traitement avec SAMtools55 min · intermediaireNon commencée
  5. SNP avec BCFtools60 min · intermediaireNon commencée

Module 4

Bioinformatique structurale

Lire le format PDB, parcourir la hiérarchie Bio.PDB, superposer des structures, visualiser avec PyMOL et interpréter les prédictions AlphaFold.

Module 40 / 5
  1. Format PDB50 min · debutantNon commencée
  2. Bio.PDB : hiérarchie et géométrie55 min · intermediaireNon commencée
  3. Superposition et RMSD55 min · intermediaireNon commencée
  4. Visualisation avec PyMOL50 min · intermediaireNon commencée
  5. Prédiction de structure secondaire et tertiaire60 min · avanceNon commencée

Module 5

Phylogénie moléculaire

Alignements multiples, distances évolutives, Neighbor-Joining, maximum de vraisemblance et visualisation d'arbres.

Module 50 / 5
  1. Alignement multiple60 min · intermediaireNon commencée
  2. Distances évolutives55 min · intermediaireNon commencée
  3. Neighbor-Joining et bootstrap60 min · intermediaireNon commencée
  4. Maximum de vraisemblance60 min · avanceNon commencée
  5. Visualisation d'arbres50 min · debutantNon commencée

Module 6

Pipelines transcriptomiques

Préparer une librairie RNA-Seq, quantifier avec featureCounts, normaliser, tester avec DESeq2 et interpréter un enrichissement fonctionnel.

Module 60 / 5
  1. Préparation de librairie RNA-Seq et quantification55 min · intermediaireNon commencée
  2. featureCounts55 min · intermediaireNon commencée
  3. Normalisation55 min · intermediaireNon commencée
  4. DESeq265 min · avanceNon commencée
  5. Enrichissement GO55 min · intermediaireNon commencée

Module 7

Projet intégré

Relier QC, mapping, variants et RNA-Seq dans un pipeline de bout en bout, avec rapport reproductible et évaluation critique.

Module 70 / 4
  1. Cadrage et jeu de données55 min · intermediaireNon commencée
  2. Pipeline de variants65 min · avanceNon commencée
  3. Pipeline RNA-Seq intégré60 min · avanceNon commencée
  4. Rapport reproductible55 min · avanceNon commencée