Menu

Module 7

Projet intégré

Relier QC, mapping, variants et RNA-Seq dans un pipeline de bout en bout, avec rapport reproductible et évaluation critique.

4 sections · environ 4 h de travail

Objectifs du module

  • Cadrer un projet reproductible à partir d'une question biologique
  • Enchaîner les étapes de contrôle qualité, mapping et appel de variants
  • Analyser un différentiel transcriptomique et son enrichissement
  • Produire un rapport reproductible et évaluer les limites
  1. 7.1Cadrage et jeu de données55 min · intermediaire · cadrage, métadonnées, design expérimentalPrérequis : 0.1, 3.1
  2. 7.2Pipeline de variants65 min · avance · pipeline, Snakemake, NextflowPrérequis : 3.5, 7.1
  3. 7.3Pipeline RNA-Seq intégré60 min · avance · RNA-Seq, featureCounts, DESeq2Prérequis : 6.5, 7.1
  4. 7.4Rapport reproductible55 min · avance · rapport, Quarto, RMarkdownPrérequis : 7.2, 7.3