Module 0
Fondations et reproductibilité
Installer un environnement, organiser un projet, versionner le code et les données, et adopter les bonnes pratiques éthiques dès le premier script.
2 sections · environ 2 h de travail
Objectifs du module
- Créer un environnement Python reproductible avec conda et verrouiller les versions
- Organiser un projet de bioinformatique et versionner code, configurations et petits jeux de données
- Distinguer les licences et les obligations liées aux données humaines
- Esquisser un pipeline reproductible avec Snakemake ou Nextflow