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Module 1

Fondations de l'analyse de séquences

Représenter, lire, manipuler et interroger des séquences biologiques avec Python et Biopython.

5 sections · environ 5 h de travail

Objectifs du module

  • Choisir une représentation computationnelle adaptée à une question biologique
  • Parser et écrire les formats FASTA et FASTQ sans perdre d'information
  • Utiliser Biopython SeqIO et Bio.SeqUtils de façon idiomatique
  • Rechercher des motifs et analyser l'usage des codons
  1. 1.1Représentations computationnelles du dogme central55 min · debutant · dogme central, alphabet, complément inversePrérequis : 0.1
  2. 1.2Formats FASTA et FASTQ55 min · debutant · FASTA, FASTQ, PhredPrérequis : 1.1
  3. 1.3Parsing avec Biopython SeqIO55 min · debutant · Biopython, SeqIO, SeqRecordPrérequis : 1.2
  4. 1.4Recherche de motifs par expressions régulières55 min · intermediaire · expression régulière, site de restriction, IUPACPrérequis : 1.1, 1.2
  5. 1.5Contenu en GC et usage des codons55 min · intermediaire · contenu en GC, GC3, biais de compositionPrérequis : 1.3