Module 6
Pipelines transcriptomiques
Préparer une librairie RNA-Seq, quantifier avec featureCounts, normaliser, tester avec DESeq2 et interpréter un enrichissement fonctionnel.
5 sections · environ 5 h de travail
Objectifs du module
- Identifier les biais d'une librairie RNA-Seq
- Compter les lectures par gène avec la bonne stratégie de brin
- Choisir une normalisation adaptée à la question
- Exécuter et interpréter une analyse différentielle DESeq2
- Réaliser un enrichissement GO avec contrôle du FDR
- 6.1Préparation de librairie RNA-Seq et quantification55 min · intermediaire · RNA-Seq, librairie, ARNrPrérequis : 3.1
- 6.2featureCounts55 min · intermediaire · featureCounts, GTF, GFFPrérequis : 6.1, 3.3
- 6.3Normalisation55 min · intermediaire · CPM, TPM, FPKMPrérequis : 6.2
- 6.4DESeq265 min · avance · DESeq2, binomiale négative, dispersionPrérequis : 6.3
- 6.5Enrichissement GO55 min · intermediaire · Gene Ontology, test hypergéométrique, odds ratioPrérequis : 6.4