Module 4
Bioinformatique structurale
Lire le format PDB, parcourir la hiérarchie Bio.PDB, superposer des structures, visualiser avec PyMOL et interpréter les prédictions AlphaFold.
5 sections · environ 5 h de travail
Objectifs du module
- Parser un fichier PDB en tenant compte des colonnes fixes
- Naviguer dans la hiérarchie Structure > Model > Chain > Residue > Atom
- Calculer un RMSD après superposition de Kabsch
- Distinguer structure expérimentale, prédiction et score de confiance
- 4.1Format PDB50 min · debutant · PDB, mmCIF, ATOMPrérequis : 1.1
- 4.2Bio.PDB : hiérarchie et géométrie55 min · intermediaire · Bio.PDB, PDBParser, mmCIFPrérequis : 4.1
- 4.3Superposition et RMSD55 min · intermediaire · superposition, RMSD, KabschPrérequis : 4.2
- 4.4Visualisation avec PyMOL50 min · intermediaire · PyMOL, sélection, représentation moléculairePrérequis : 4.2
- 4.5Prédiction de structure secondaire et tertiaire60 min · avance · structure secondaire, hélice alpha, feuillet bêtaPrérequis : 4.2, 4.3