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Module 2

Algorithmes d'alignement

Comparer des séquences : matrices de points, programmation dynamique, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, matrices de substitution et BLAST.

6 sections · environ 6 h de travail

Objectifs du module

  • Expliquer la sous-structure optimale et écrire les récurrences d'alignement
  • Implémenter et vérifier Needleman-Wunsch et Smith-Waterman
  • Choisir une matrice de substitution et interpréter une E-value
  • Utiliser BLAST à bon escient via Biopython
  1. 2.1Matrice de points45 min · debutant · matrice de points, dot plot, diagonalePrérequis : 1.2
  2. 2.2Programmation dynamique60 min · intermediaire · programmation dynamique, sous-structure optimale, mémorisationPrérequis : 2.1
  3. 2.3Needleman-Wunsch60 min · intermediaire · Needleman-Wunsch, alignement global, programmation dynamiquePrérequis : 2.2
  4. 2.4Smith-Waterman55 min · intermediaire · alignement local, Smith-Waterman, programmation dynamiquePrérequis : 2.3
  5. 2.5Matrices PAM et BLOSUM50 min · intermediaire · matrice de substitution, log-odds, PAMPrérequis : 2.3
  6. 2.6BLAST60 min · intermediaire · BLAST, seed-and-extend, E-valuePrérequis : 2.4, 2.5