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Versions des outils
Les versions sont des références de cours. Vérifiez la dernière version stable et les options dans la documentation officielle avant de publier ou d'exécuter un pipeline. Dernière mise à jour du tableau : 2026-11-01.
| Outil | Version de référence | Usage | Documentation |
|---|---|---|---|
| BiopythonCertaines API évoluent : vérifier la version dans la documentation. | 1.88 (testée dans ce dépôt) | Séquences, parsing FASTA/FASTQ/PDB, alignements, BLAST, phylogénie. | Documentation |
| NumPyLes exemples du cours évitent les API dépréciées. | 2.x | Calcul matriciel, programmation dynamique, manipulation de tableaux. | Documentation |
| pandas | 2.x | Manipulation de tableaux de variants, comptages, métadonnées. | Documentation |
| BWA-MEMBWA-MEM2 est une alternative plus rapide ; les options diffèrent légèrement. | 0.7.17 | Alignement de lectures courtes sur une référence. | Documentation |
| SAMtoolsLa chaîne markdup nécessite fixmate -m avant le tri par coordonnées. | 1.19+ | Conversion, tri, indexation, statistiques et manipulation de SAM/BAM/CRAM. | Documentation |
| BCFtoolsLes expressions de filtrage dépendent de la version. | 1.19+ | Appel de variants, filtrage, annotation et manipulation de VCF/BCF. | Documentation |
| FastQCOutil Java ; lire le rapport, ne pas se contenter du statut global. | 0.12.1 | Contrôle qualité brut des lectures (qualité, GC, adaptateurs, surreprésentation). | Documentation |
| fastpConserver les paramètres dans le script de pipeline. | 0.23.4 | Prétraitement rapide : adaptateurs, qualité, poly-G, surreprésentation. | Documentation |
| featureCounts (Subread)L'option -s doit correspondre à la stratégie de brin de la bibliothèque. | 2.0.6 | Comptage de lectures par gène à partir d'un GTF/GFF. | Documentation |
| DESeq2Utiliser des comptages bruts, pas des TPM/FPKM. | 1.38+ (Bioconductor) | Analyse différentielle de comptages RNA-Seq (binomiale négative, Wald, FDR). | Documentation |
| clusterProfilerContrôler l'univers de gènes et la redondance des termes. | 4.10+ (Bioconductor) | Enrichissement fonctionnel GO/KEGG, visualisation. | Documentation |
| MAFFTChoisir la stratégie (L-INS-i, FFT-NS-2) selon la taille et la divergence. | 7.526 | Alignement multiple de séquences (nucléotides, protéines). | Documentation |
| trimAlDocumenter la méthode de trimming : elle change l'arbre. | 1.4.1 | Nettoyage des alignements multiples (colonnes gap, entropie). | Documentation |
| Clustal OmegaPour les jeux difficiles, comparer avec MAFFT et vérifier les blocs conservés. | 1.2.4 | Alignement multiple par profils HMM et arbres guides mBed. | Documentation |
| IQ-TREEConserver le fichier .iqtree et la commande exacte. | 2.3.6 | Maximum de vraisemblance, ModelFinder, UFBoot. | Documentation |
| RAxML-NGVérifier le modèle avec ModelTest-NG ou IQ-TREE. | 1.2.0 | Maximum de vraisemblance et bootstrap, modèles d'évolution. | Documentation |
| FigTreeAlternative : iTOL (web) et ETE (Python). | 1.4.4 | Visualisation et annotation d'arbres Newick. | Documentation |
| PyMOLLes commandes de base sont stables ; vérifier les options de rendu. | 3.0 (open-source) | Visualisation et scripting de structures macromoléculaires. | Documentation |
| Mol*Nécessite WebGL ; repli textuel prévu dans l'interface. | 4.x | Visualisation web de structures PDB/mmCIF. | Documentation |
| AlphaFold DBUne prédiction n'est pas une structure expérimentale ; lire pLDDT et PAE. | v4 (base de données) | Structures prédites et scores pLDDT. | Documentation |
| SnakemakeÉpingler les versions dans un environnement conda. | 8.x | Orchestration de pipelines reproductibles en Python. | Documentation |
| NextflowUtiliser des conteneurs ou des environnements conda épinglés. | 24.x | Orchestration de pipelines portables (DSL2). | Documentation |
Les versions indiquées sont des références pédagogiques, pas une garantie de compatibilité avec votre installation. Épinglez les versions dans votre environnement et vérifiez les options dans la documentation officielle.